Миколаївський професійний ліцей був одним з найстаріших професійно-технічних закладів Миколаєва. В 2020 році йому виповнилося 80 років.
Заклад, який при створенні звався школа фабрично – заводського навчання № 2, було засновано 2 жовтня 1940 року, Указом Президії Верховної Ради СРСР № 37 «Про державні трудові резерви». Він знаходився в селищі Темвод, готував робочу зміну лише будівельних професій і перший набір складав 140 чоловік.
Першим директором був Динабург Михайло Якович, з яким в роки Великої Вітчизняної війни з 01 серпня 1941р. ФЗО №2 було евакуйоване в м. Азбест, Свердловської області і під його керівництвом готувалися спеціалісти для гірничої промисловості. 11 травня 1944 року навчальний заклад повертається до м. Миколаєва на вулицю 5-та Слобідська. З 25 червня 1946 року ФЗО №2 переведено в смт. Жовтневе, де знаходилося до 1966 року.
З 1956 по 1958 рік заклад має назву Будівельна школа № 2, з 1958 по 1963 – Будівельне училище № 2, з 1963 по 1984 – Міське професійно – технічне училище № 13, з 1984 по 1998 – Середнє професійно-технічне училище № 13, з 1998 по 2002- професійно – технічне училище № 13. З 1966 року, після будівництва нового комплексу, заклад розташовується мікрорайоні Варварівка.
У листопаді 2002 року наказом Міністерства освіти і науки України, одним з перших у Миколаївській області, професійно – технічне училище № 13 було реорганізоване у Миколаївський професійний ліцей.
В січні 2021 року Миколаївський професійний ліцей було приєднано до Миколаївського професійного машинобудівного ліцею.
